Utvrđeno je da unutar nje postoje ogromne podzemne prostorije, a speleolozi su već pronašli više od 17 pećina i odaja ispod zemlje. Na južnoj i severozapadnoj strani planine, ispod vrha Šiljak, locirana oko 450 metara visoka šupljina romboidne osnove, sa stranicama od po 250 i 500 metara.
Ovaj ogromni podzemni prostor zauzima istu onu poziciju na kojoj se, na već istraženim piramidama, najčešće nalaze rezonantne komore. Veliki vertikalni tunel, koji su istraživači prozvali “Dimnjak”, vodi duboko u utrobu planine, odakle k površini izlazi velika količina “orgonske energije”. Kako je spiritualisti doživljavaju, to je pozitivna energija za ljude i živi svet pa je zato Rtanj poznat kao mesto gde se mnogi dolaze na lečenje.
Dimnjak je ovalnog oblika promera oko šest metara i urušen od samog vrha u dužini od oko 110 metara. Odatle je prohodan u dubinu od čak 450 metara.
Geometrija Rtnja još je zanimljivija i prepuna je neobičnih, ali očiglednih zakonitosti. Najistaknutiji vrhovi planine jesu Kusak, Baba i Šiljak koji, kada se povežu zamišljenom linnijom, prave trougao čije su strane dugačke pet i šest kilometara. Sa samog Šiljka odvajaju se tri kraka koji zahvataju dva ugla od po 105 i jedan od 150 stepeni.
Prema urbanim srpskim legendama, smatra se da je piramida Rtanj središte Zemlje. Neki svedoci navode da je Rtanj specifičan po tome što se avioni gube s radara kada je nadleću, da postoje jedinstvene, endemske vrste biljaka, da su prisutna elektromagnetna i ionizovana zračenja, pa čak i to da postoji mogućnost da se ispod Rtnja nalaze tri velike podzemne reke na dubini od oko 100 metara.
